微生物法制氢包括化能营养微生物产氢、发酵型微生物放氢、光合产氢以及固定化细胞技术产氢4种方式。具体为：
1.化能营养微生物产氢，属于化能营养微生物的是某些发酵类型的严格厌氧菌和兼性厌氧菌。
2.发酵型微生物放氢的原始基质是各种碳水化合物、蛋白质、某些醇类以及有机酸等。
3.光合产氢，即光合细菌在黑暗厌氧条件下可分解有机物放出少量氢气,光照会明显增加产氢1。与光合作用相关的产氢过程称为光和产氢。可用各种工业、生活有机废水和农副产品废弃物为基质，进行光合细菌连续培养。利用光合细菌产氢比其他生物制氢法更有优越性,如光合细菌的放氢速率比蓝细菌高2个数璜级，比异氧菌产氢的能量转化率髙，且氢气纯度高。光合细胞产氢已进人应用开发阶段，主要集中于寻找产氢量高、产氢速率大的光合细菌菌种以及产氢工艺条件的探索。
4.仿照固定化酶技术而产生的固定化细胞技术为连续生物制氢提供了可能。有人最先把一株芽孢杆菌属制成固定化细胞在滴滤床反应器中试验，结果表明，反应可在4-5min内完成，二氧化碳转化率达86%,产氢率高达3.96mmo!/(L•min)。