虽然长度只有 62 英里，但 埃马乔吉河是 波罗的海 国家 爱沙尼亚唯一完全可通航的河流。埃马乔吉河长期以来一直是一条重要的商业水道，特别是对于塔尔图市而言。埃马乔吉河也流经佩普斯湖自然保护区。对于现代爱沙尼亚人来说，就像几个世纪以来以波罗的海地区为家的各种民族一样，埃马乔吉河具有实际和象征意义。
埃马乔吉河发源于沃尔茨湖，这是一个浅水沼泽湖，位于爱沙尼亚中南部，面积约 104 平方英里。埃马乔吉河向东流动约 62 英里，直到流入爱沙尼亚最大的湖泊（也是欧洲第五大湖泊），即 1,373 平方英里的佩普斯湖，该湖构成该国与俄罗斯边界的 一部分。十二条支流——Pedja、Laeva、Amme、Koosa、Kavilda、Elva、Ilmatsalu、Porijogi、Mudajogi、Luutsna、Ahja 和 Agali——流入 埃马乔吉河，整个河道的宽度通常为 100 至 325 英尺，深 6 至 12 英尺旅行。河流流域面积约 3850 平方英里，约占爱沙尼亚总领土的 22%。
除了爱沙尼亚多山的南部地区（埃马乔吉河以南）以外，整个国家相对于海平面而言非常低且平坦。由于地势低平，沼泽地通常沿着 埃马乔吉河两岸延伸。该地区气候凉爽，四季分明，7 月的平均最高温度约为 63 华氏度，2 月的平均最高温度约为 18 华氏度。在 埃马乔吉河及其相连的水域中发现了爱沙尼亚原产的所有淡水鱼，包括大头鱼、泥鳅和毒蛇。这条河及其附近的沼泽地养育着鸭子、鹅、天鹅和鹤，以及海狸和其他小型哺乳动物和两栖动物。
埃马乔吉河至少自中世纪以来一直是一条重要的贸易路线。虽然这条河促进了东西方贸易，但周围的沼泽地长期以来一直是南北贸易路线的障碍。
爱沙尼亚第二大城市塔尔图坐落在埃马乔吉河沿岸，大约位于 Vortsjarv 湖和 Peipus 湖之间。它是三个波罗的海国家中最古老的城市，其历史至少可以追溯到 1000 年前，可能还要更长几个世纪。塔尔图建在沼泽的埃马乔吉河更容易涉水或架桥的地方，成为整个地区的南北和东西商业门户。
由于它作为贸易路线的重要性，在过去的 1,000 多年里，许多国家和帝国都声称拥有埃马乔吉河及其重要城市塔尔图。