系统工程处理具体问题时应该遵循3个原则，即整体性、综合性和最优化。
1.整体性原则:就是把被研究的系统当作一个整体看待，全面地、辩证地看问题。各部分组成系统后形成了系统的总体功能,系统的功能要大于各部分功能的总和,这不仅是一种量变，而且是一种质变。此外，还要有时间上的整体观念,要看系统的生命周期，不能只顾当前，忽视长远，因此，看问题要有整体、全局、长远的观点。
2.综合性原则:任何系统都可看成是多元素的有机综合体，具有多种的属性。因此，在确定系统目标时，应进行多目标的综合。另外,对任何系统的研究，应采用多学科高度综合的方法,从系统的成分、结构、功能、相互联系方式、历史发展及外部环境等多方面进行综合考察。任何一项措施、一个方案，对&然、社会都会有不同影响，所以还应进行多方案的比较和多效益的综合。量的综合导致了质的飞跃，现代科学技术发展的趋势是向系统综合型发展，系统工程本身也正是综合了许多学科而建立起来的。
3.最优化原则:处理系统问题时，应尽可能做到准确、严密、按科学规律办事。这要求有一个严格的工作步骤和程序，同时还应该尽可能进行定量分析。通过对量的分析，可以更准确地认识事物的质，这就必须借助数学方法，建立系统优化模沏,然后在计算机上进行系统仿真，分析系统的运行及后果，对系统某些方面加以选择和控制，使系统达到总体最优。